In Neuburg gibt es neben der Christus- und Apostelkirche noch eine dritte Evangelische Kirchengemeinde: Die Militärkirchengemeinde. Sie ist in besonderer Weise zur Seelsorge an den Soldatinnen und Soldaten beauftragt und feiert ihre Gottesdienste meist in der Wilhelm-Frankl-Kaserne. Seit ihrem Bau 1964 ist die Apostelkirche die Garnisonskirche des Neuburger Taktischen Luftwaffengeschwaders 74. Beide Gemeinden unterstützen sich daher in besonderer Weise:
- für große Gottesdienste und besondere Anlässe (Gospelgottesdienst, Amtseinführung usw.). stellt die Apostelkirche der Militärkirchengemeinde ihre Gebäude zur Verfügung,
- das Gemeindefest im Herbst feiern beide Gemeinden gemeinsam,
- die legendäre Waldweihnacht der Militärseelsorge in Gietlhausen wird von der Apostelkirche in vielfältiger Weise unterstützt